おつかれさまです。
潔く、処分（取り除く）をオススメします。
そのままにして、虫食い跡からの腐敗及び病害虫の増繁殖等、株にとって良い事はありませんし、次の実を充実させた方が良いです。
ちなみに、無農薬で有機栽培をされていますでしょうか？
無農薬であるなら虫食いは日常茶飯事です。
もし気持ち悪いであるとか、こんな事はもう懲り懲りと思われるのであるなら薬剤散布、もしくは木酢酢等、市販の忌避剤散布を検討下さい。
土からコバエ→有機栽培（有機肥料を施肥）では当たり前でございます。
これもまた、有機肥料でなく化成肥料への切り替えを検討下さい。
家庭菜園は、野菜を楽しく育てるのが第一だと思っています。
楽しみましょう⤴